SIGMA Optimization Proでリニアフォーカス / ノンリニアフォーカスの設定変更はできますか？

できません。
Lマウントのカメラボディのメニューから、リニア/ノンリニアの切り替えと、リニア選択時のフォーカスリング回転角度の設定が可能です。詳細はカメラの説明書をご確認下さい。